Falls jemand befallen war. Trotz fehlender Medikamente, irgendwann war sie ja weg.

ganz einfach:

in dem man entweder daran gestorben ist
(vor allem bei Lungenpest oder Pestsepsis)

--> Patient tot --> Bazillen vermodern zusammen mit der Leiche auf dem Friedhof

... oder wenn es bei einer Beulenpest bleibt und wenn man zu den glücklichen 40 % oder 50 % der Erkrankten mit dem besten Immunsystem gehört:
indem man die Krankheit auskuriert!

(so wie 99,99x % der Patienten eine normale Erkältung auch ohne Medikamente auskurieren!)